Obecna Regionalna Dyrekcja Lasów Państwowych w Krakowie jako jednostka organizacyjna Lasów Państwowych przeznaczona do wykonywania zadań określonych w "Ustawie o lasach z 28 września 1991 r." z zakresu kontroli, nadzoru, koordynacji działań, doradztwa i dystrybucji części środków finansowych w zgrupowanych w niej nadleśnictwach powstała w wyniku wielu przemian w organizacji i zarządzaniu lasami bedącymi własnością Skarbu Państwa.

Zalążkiem obecnej administracji leśnej średniego szczebla była utworzona w 1945 roku Krakowsko - Śląska Dyrekcja Lasów Państwowych. Siedziba tej Dyrekcji, jak również obecnie Regionalnej Dyrekcji Lasów Państwowych w Krakowie był budynek przy Al. Słowackiego 17a w Krakowie. Krakowsko - Śląska Dyrekcja Lasów Państwowych grupowała 53 małe nadleśnictwa utworzone na bazie przedwojennych lasów państwowych oraz prywatnych majątków leśnych upaństwowionych po 1944 r. Podstawę zarządzania lasami stanowił do roku 1949 Dekret o państwowym gospodarstwie leśnym wydany przez Prezydenta RP 30 września 1936 r.

W roku 1949 20 grudnia uchwalona zostaje przez Sejm "Ustawa o państwowym gospodarstwie leśnym" częściowo zmieniona Dekretem z 26.10.1950 r. Na jej podstawie do bezpośredniego prowadzenia gospodarki leśnej w miejsce Dyrekcji Lasów Państwowych powołany został Rejon Lasów Państwowych w Krakowie tzw. "Wielki".

Z początkiem 1951 roku Rejon LP "Wielki" zmienił nazwę na Krakowski Okręg Lasów Państwowych, a biura zespołów małych nadleśnictw przekształcone zostały w Rejony Lasów Państwowych stanowiące przedsiębiorstwa działające na zasadach wewnętrznego ograniczonego rozrachunku gospodarczego. W wyniku takich zmian Krakowski Okręg Lasów Państwowych stał się formalnie przedsiębiorstwem działającym na zasadzie pełnego rozrachunku gospodarczego, faktycznie zaś jego funkcje sprowadzały się do kierowania, koordynacji i kontroli w stosunku do Rejonów Lasów Państwowych.

W okresie lat pięćdziesiątych utworzone zostały formalnie rozporządzeniem Rady Ministrów z 30 października 1954 r. Tatrzański Park Narodowy i Pieniński Park Narodowy (oba już istniejące podporządkowane Rejonowi Lasów Państwowych w Zakopanem), oraz nowo powołany Babiogórski Park Narodowy złożony z lasów Nadleśnictwa Zawoja. W roku 1956 powstał Ojcowski Park Narodowy. Wszystkie cztery Parki zostały wyłączone z Krakowskiego Okręgu Lasów Państwowych i przekazane w latach 1954 - 1956 Zarządowi Ochrony Przyrody Ministerstwa Leśnictwa. Na całym obszarze działania Krakowskiego Okręgu Lasów Państwowych administracja leśna pełniła nadzór nad gospodarką leśną w lasach niepaństwowych. Podstawę tego nadzoru stanowiło do roku 1948 rozporządzenie Prezydenta RP z dnia 24 czerwca 1927 r., a następnie dekret z 26 kwietnia 1948 r. o ochronie lasów nie stanowiących własności Skarbu Państwa.

W roku 1957 Krakowski Okręg Lasów Państwowych został przekształcony z przedsiębiorstwa w jednostkę budżetową pod nazwą Okręgowy Zarząd Lasów Państwowych w Krakowie. W roku 1958 na podstawie zarządzenia Ministra Leśnictwa i Przemysłu Drzewnego uległy likwidacji wszystkie Rejony Lasów Państwowych, a OZLP w Krakowie przestał być jednostką budżetową stając się przedsiębiorstwem wielozakładowym, któremu podlegało 47 nadleśnictw, Ośrodek Remontowo-Budowlany oraz jednostki szczególne - Ośrodek Transportu Leśnego w Starym Saczu, 4 Zespoły Składnic Leśnych w Bochni, Starym Sączu, Zakopanem i Żywcu oraz Szkółka Zadrzewieniowa w Bobrku.

Lata 1961 - 1972 to okres względnej stabilizacji w dzialałności i strukturze OZLP w Krakowie. W roku 1973 na polecenie władz centralnych dokonana została kolejna reorganizacja polegajacą na łączeniu dotychczasowych małych nadleśnictw w większe jednostki. W wyniku tej reorganizacji pozostało w OZLP Kraków 20 nadleśnictw (Brzesko, Dąbrowa Tarnowska, Gromnik, Krościenko, Limanowa, Miechów, Myślenice, Nawojowa, Niepołomice, Nowy Targ, Piwniczna, Stary Sącz, Olkusz, Chrzanów, Krzeszowice, Ujsoły, Węgierska Górka, Sucha, Jeleśnia i Andrychów), 3 Zespoły Składnic, 1 Ośrodek Transportu Leśnego i 1 Ośrodek Remontowo - Budowlany.

W roku 1975 na szczeblu centralnym zapadła nietrafiona decyzja o zmniejszeniu w kraju liczby Okręgowych Zarządów Lasów Państwowych z dotychczasowych 17 do 10, w związku z czym 7 OZLP uległo likwidacji. Tak więc po tej kolejnej reorganizacji Okręgowy Zarząd Lasów Państwowych w Krakowie obejmował 54 jednostki, w tym 43 nadleśnictwa i 12 jednostek szczególnych (Zespołów Składnic, Ośrodków Transportu Leśnego, Ośrodków Remontowo - Budowlanych).

W roku 1978 z data 1 stycznia utworzony został nowy Okręgowy Zarząd Lasów Państwowych w Krośnie obejmujący swą działalnością wszystkie nadleśnictwa położone w obrębie byłych województw krośnieńskiego i rzeszowskiego. Nadleśnictwa te zostały tym samym wyłączone z OZLP Kraków. Jednakże do OZLP Kraków w tym samym czasie włączone zostały jednostki położone w województwie kieleckim przynależne wcześniej do byłego Okręgowego Zarządu Lasów Państwowych w Radomiu. Po tych wszystkich zmianach w roku 1978 Okręgowy Zarząd Lasów Państwowych w Krakowie obejmował łącznie 31 jednostek terenowych, w tym 26 nadleśnictw, 2 Ośrodki Transportu Leśnego, 2 Zespoły Składnic i 1 Ośrodek Remontowo - Budowlany.

Z dniem 1 stycznia 1981 r. z części Nadleśnictw Limanowa, Krościenko i Nowy Targ utworzono Gorczański Park Narodowy, przekazując na rzecz tego Parku powierzchnię 7000 ha.

Od roku 1983 reaktywowany zostaje Okręgowy Zarząd Lasów Państwowych w Radomiu, a OZLP Kraków przekazuje na jego rzecz wszystkie nadleśnictwa położone w województwie kieleckim za wyjaątkiem nadlesnictwa Miechów. W ten sposób od 1.07.1983 r. w skład Okręgowego Zarządu Lasów Państwowych w Krakowie wchodzi juz tylko 16 nadleśnictw - Brzesko, Dąbrowa Tarnowska, Dębica, Gorlice, Gromnik, Krościenko, Krzeszowice, Limanowa, Łosie, Miechów, Myślenice, Nawojowa, Niepołomice, Nowy Targ, Piwniczna, Stary Sącz, Zespół Składnic Nowy Sącz, Zespół Składnic Kraków, OTL w Starym Sączu i ORB w Bochni.

W latach 1986 - 1991 likwidacji ulegają: Zespół Składnic w Krakowie i w Nowym Sączu. Powstaje nowa jednostka Zakład Transportu i Handlu Drewnem z siedzibą w Starym Sączu. 1 stycznia 1992 r. wchodzi w życie Ustawa o lasach z dnia 28 września 1991 r. w myśl której zarząd nad lasami stanowiącymi własność Skarbu Państwa zostaje powierzony Państwowemu Gospodarstwu Leśnemu - Lasy Paśstwowe. Okręgowy Zarząd Lasów Państwowych w Krakowie zostaje przekształcony w Regionalną Dyrekcję Lasów Państwowych w Krakowie, której podporządkowano 16 wymienionych wcześniej nadleśnictw, Zakład Transportu i Handlu Drewnem w Starym Sączu oraz Ośrodek Remontowo - Budowlany w Bochni. Obydwie wymienione jednostki szczególne nie mogą jednak sprostać zasadom gospodarki rynkowej, w związku z czym w latach 1992 - 1994 zostają postawione w stan likwidacji i do 31 grudnia 1994 r. zlikwidowane.

W Regionalnej Dyrekcji Lasów Państwowych w Krakowie po tych licznych zmianach organizacyjnych pozostaje jedynie na dzień dzisiejszy 16 jednostek terenowych - nadleśnictw położonych na terenie województwa małopolskiego oraz częściowo podkarpackiego i śląskiego o łącznej powierzchni 173 584,75 ha, w tym pow. leśnej 171 108,80 ha.