Na terenie RDLP w Krakowie istnieje ogromne bogactwo gatunków zwierząt, roślin i grzybów, wynikające z różnorodności geobotanicznej regionu, lesistości, mozaiki użytków a także sposobu gospodarowania w lasach o złożonej strukturze dostosowanej do wyjątkowej różnorodności typów siedlisk.

Ochrona gatunkowa jako jedna z form ochrony przyrody na terenie RDLP w Krakowie realizowana jest zgodnie z ustawą o ochronie przyrody z dnia kwietnia 2004 r.  
(z późn. zm.) i rozporządzeniami wykonawczymi Ministra Środowiska w sprawie ochrony gatunkowej zwierząt, roślin i grzybów.

Obowiązujące rozporządzenia to:

• Rozporządzenie Ministra Środowiska z dnia 16 grudnia 2016 r. w sprawie ochrony gatunkowej zwierząt.
• Rozporządzenie Ministra Środowiska z dnia 9 października 2014 r. w sprawie ochrony gatunkowej roślin.
• Rozporządzenie Ministra Środowiska z dnia 9 października 2014 r. w sprawie ochrony gatunkowej grzybów.

Ochrona gatunkowa realizowana jest we wszystkich możliwych sposobach, jako:

• Ochrona ścisła (całkowita) - dotycząca całkowitego zakazu niszczenia, usuwania, zabijania, czy przenoszenia roślin, grzybów i zwierząt zaliczanych do gatunków chronionych.
• Ochrona częściowa - dopuszczającą wobec objętych ochroną gatunków roślin, zwierząt i grzybów możliwość ingerencji w  liczebność osobników, ich części lub populacji.
• Ochrona strefowa  - zapewniająca ochronę ostoi, miejsc rozrodu i regularnego przebywania zwierząt objętych ochroną gatunkową mogą być ustalane strefy ochrony.

Ochrona gatunkowa może dotyczyć:

• pojedynczych gatunków roślin i zwierząt.
• całych złożonych ekosystemów, będących środowiskiem życia tych gatunków.

W przypadku ochrony środowisk życia gatunków jako wsparcie dla ochrony gatunkowej wykorzystywane są inne formy ochrony przyrody np.: rezerwaty florystyczne i faunistyczne, (Przykłady - rezerwat „Długosz Królewski w Nadleśnictwie Niepołomice), powierzchniowe  pomniki przyrody (przykład -  stanowisko lilii złotogłów w Leśnictwie Ropki w Nadleśnictwie Łosie, dwa stanowiska języcznika zwyczajnego  Leśnictwo  Roztoka Wielka w Nadleśnictwie Piwniczna.

Na terenie RDLP w Krakowie w Nadleśnictwie Niepołomice znajduje się zamknięta hodowla żubrów tzw. Ośrodek Hodowli Żubrów realizujący od okresu międzywojennego (1936 r.) program ochrony tego gatunku.

Ochrona strefowa przewiduje wyznaczanie obszarów wokół stanowisk roślin i grzybów  oraz ostoi, miejsc rozrodu i regularnego przebywania zwierząt objętych ochroną gatunkową.

Na terenie RDLP w Krakowie aktualnie istnieje 55 stref ochrony gatunkowej. Wszystkie strefy utworzone zostały dla ochrony ostoi, miejsc rozrodu i regularnego przebywania różnych gatunków ptaków.

Na terenie RDLP w Krakowie najwięcej stref ochronnych utworzono dla ochrony orlika krzykliwego Clanga pomarina i bociana czarnego Ciconia nigra,. Mniej licznie reprezentowane są strefy dla puchacza Bubo bubo,  bielika Haliaeetus albicilla, orła przedniego Aquila chrysaetos, sóweczki Glaucidium passerinum  oraz  głuszca Tetrao urogallus.

Głuszec jest gatunkiem szczególnej ochrony na terenie RDLP w  Krakowie. Występuje w lasach RDLP w Krakowie na stokach Babiej Góry, Policy, Gorców i Beskidu Sądeckiego, a wsparciem dla ochrony gatunkowej głuszca jest realizowany od 2009 roku w Nadleśnictwie Nawojowa program „Reintrodukcji głuszca w Paśmie Jaworzyny Krynickiej”. Ponadto Nadleśnictwa RDLP w Krakowie uczestniczą w projekcie ochrony gatunków i siedlisk przyrodniczych, w którym wiele działań ukierunkowanych jest na ochronę głuszca.